有许多类型的“有益”真菌能与植物根系建立共生（互利）关系。这些关系被称为菌根，其中的微生物被称为菌根真菌。这些特殊真菌的菌丝向根外扩展形成庞大的菌丝网，菌丝网的表面积可以比植物根系本身的表面积大100倍，有效地扩展了植物根系的吸收表面积。这种“次生根系”能够帮助植物吸收水分和难以获得的重要的矿质养分。